Махсус божхона режимида қуйидагилар назарда тутилади:

• божхона тўловлари ставкаларини вақтинча бекор қилиш ёки пасайтириш;
• экспортга ёки импортга нисбатан нотариф чекловларни бекор қилиш, енгиллаштириш.
• Махсус иқтисодий зоналар иштирокчилари томонидан экспорт қилинаётган ёки импорт қилинаётган товарларни божхона тўловлари бўйича имтиёзлар қўлланилган ҳолдаги божхона расмийлаштируви қонун ҳужжатларида белгиланган тартибда амалга оширилади.
• Махсус иқтисодий зона ҳудудида махсус божхона режимини таъминлаш Ўзбекистон Республикаси божхона органлари томонидан амалга оширилади.
• Махсус божхона режими товарларнинг махсус иқтисодий зоналар ҳудуди орқали транзит қилинишига нисбатан татбиқ этилмайди.
• Махсус божхона режими рақобатсиз муҳитни шакллантиришга олиб келмаслиги керак.